Siguiendo los patrones de la arquitectura franciscana descalza, redactados por el propio San Pedro de Alcántara, la iglesia se ubica en la zona norte del conjunto. Con la cabecera orientada hacia el este. Fue lo último que se construyó. Es de una sola nave compuesta de tres tramos más crucero. Los tramos que componen el cuerpo principal están cubiertos con bóvedas nervadas de crucería basadas en arcos apuntados, aportando sensación de ligereza y elegancia al conjunto.
Los fieles accedían desde el atrio bajando los escalones de la puerta norte, y en el muro opuesto se encuentra la entrada que da paso al claustro y resto de dependencias. Adyacente a esta última, un hueco enmarcado en cantería con una pequeña pila para santiguarse, comunicaba con una zona de difícil interpretación que desapareció al incorporar otras dependencias del convento.
Originalmente la iglesia albergaba un coro que fue derribado en los años cuarenta del siglo XX, cuando se abrió el portón a los pies de la nave para su uso agropecuario. Todavía se aprecia en el muro sur el acceso que tenía dicho coro desde la planta alta.
Tras la reciente restauración, ha salido a la luz un ventanal abocinado decorado con dibujos florales sobre negro y una cruz paté enmarcada en circulo. Un elemento que podría pertenecer a la fase más primitiva del templo.
Un arco de medio punto apoyado en robustos pilares da paso al altar mayor, que presenta bóveda de crucería estrellada fabricada en mampostería de ladrillo. El crucero, apenas desarrollado en el lado de la epístola, se extiende en capilla lateral por el lado del evangelio.
En el fondo, el retablo de fábrica de estilo barroco, probablemente de la reforma del siglo XVIII, supone el elemento decorativo más relevante de todo el conjunto.
