La planta alta del edificio estaba dedicada en su mayor parte a las celdas, distribuidas a ambos lados de un largo pasillo. Estas consistían en dependencias de escaso tamaño, concebidas como un refugio personal de algo más de seis metros cuadrados, que, sin embargo, estaban por encima de la modestia que San Pedro de Alcántara había establecido en sus ordenaciones. Todas las celdas estaban dotadas de ventana. Así, el espacio ofrecía un equilibrio entre la sencillez y la comodidad, permitiendo que la vida monástica se desarrollara con un toque de humanidad.
En 1689, solo había siete habitaciones disponibles para los moradores, lo cual resultaba insuficiente. Tras la visita del padre provincial, se decidió añadir otras seis celdas. Las marcas en el piso de ladrillo evidencian las divisiones originales y las ampliaciones, lo que permite identificar casi con precisión el número de dependencias que quedaron tras la reforma.
Sin embargo, sabemos que esta segunda planta fue más extendida y albergó otras dependencias que hoy están desaparecidas. No está claro si estas áreas fueron también celdas o si tuvieron otra utilidad.
